A história segue os três protagonistas: Connor, de seis anos, Amaya e Greg. Durante o dia, eles são crianças normais que vão à escola. Mas quando a cidade enfrenta perigos, estes pequenos cheios de curiosidade e sentido de justiça vestem os seus pijamas à noite e ativam os seus amuletos animais. Magicamente transformam-se nos super-heróis dinâmicos Catboy, Owlette e Gecko, tornando-se os Heróis de Pijama. Juntos, combatem os vilões noturnos como Romeo, Ninja Lunária e os Night Ninjas, impedindo os seus planos de destruição em série.