A primeira paixão de infância de Ben Tennyson, Elena Valadis, reaparece subitamente e pede a sua ajuda para salvar o pai. Para surpresa de todos, o avô Max recusa-se a intervir. Acontece que o pai de Elena havia traído os Plumbers no passado, algo que Max nunca conseguiu perdoar. Ben, no entanto, decide confiar em Elena, o que provoca uma ruptura com o avô. Ignorando os fortes protestos dos seus aliados Gwen e Kevin, Ben junta-se à misteriosa Elena para se infiltrar na organização e investigar a ameaça conhecida como "Alien Swarm" (Enxame Alienígena). Entretanto, fragmentos de cristais alienígenas possuem humanos e espalham o caos por todo o mundo. Ben e os seus amigos têm de descobrir rapidamente a verdade por trás destes cristais misteriosos para salvar o planeta.