Com o prazo final para assassinar o Professor Koro-sensei (voz de Kazunari Ninomiya) a aproximar-se, a arma secreta que esteve sempre infiltrada na Turma 3-E entra finalmente em ação. Kaede Kayano (interpretada por Maika Yamamoto), carregando um profundo ressentimento, revela os seus tentáculos há muito escondidos e lança um ataque mortal ao Professor Koro-sensei. Aproveitando precisamente este incidente, o Professor Koro-sensei partilha a história inesquecível da sua ligação com a antiga professora substituta da Turma E, Aguri Yukimura (interpretada por Mirei Kiritani). Quanto à execução do assassinato, os alunos como Nagisa Shiota (interpretado por Ryosuke Yamada) e Karma Akabane (interpretado por Masaki Suda) dividem-se em dois campos opostos. Por um lado, desejam evitar a destruição da Terra e, por outro, tentam salvar a vida do Professor Koro-sensei. Entretanto, os governos de vários países, que permaneceram em silêncio durante muito tempo, começam a planear a ação final, e o Sr. Karasuma (interpretado por Hiroki Narimiya), o causador de todo este caos, também se tornará uma peça crucial para decidir o destino do Professor Koro-sensei. O momento da despedida entre professor e alunos está prestes a chegar...