A história desenrola-se num futuro distante, onde Júpiter Jones (interpretada por Mila Kunis), uma rapariga de aparência comum que perdeu o pai desde tenra idade, sobrevive como pode trabalhando como empregada de limpeza de casas de banho. No entanto, num dia sem qualquer aviso, o seu destino muda radicalmente quando é raptada por Caine (interpretado por Channing Tatum), um caçador de recompensas "híbrido" do espaço exterior. Tudo isto está relacionado com o misterioso gene com que Júpiter nasceu. No profundo e vasto universo, existe uma dinastia com biliões de anos de existência, a Abrasax. Após a morte da antiga rainha, Balem (interpretado por Eddie Redmayne), o herdeiro direto ao trono, ascende ao poder e inicia o seu plano maligno cheio de ambição. Contudo, Júpiter possui a linhagem mais próxima da antiga rainha, tornando-se assim uma ameaça ao trono de Balem.