Numa era em que alienígenas e terráqueos coexistem, sob a opressão e domínio dos imigrantes extraterrestres, o espírito do Bushido, que perdurava há séculos, entrou em declínio. No entanto, perante essa tendência de decadência, ainda há um grupo que silenciosamente mantém os seus princípios e a sua justiça. Shinpachi Shimura (interpretado por Masaki Suda), um jovem de família em declínio, conhece por acidente o dono do Gin-ya, Gintoki Sakata (interpretado por Shun Oguri), e a rapariga celestial Kagura (interpretada por Kanna Hashimoto), tornando-se os três grandes amigos. O seu amigo em comum, Kotaro Katsura (interpretado por Masaki Okada), desaparece sem razão aparente. Após uma investigação, surge um homem chamado Niizou Okada (interpretado por Hirofumi Arai) e uma espada demoníaca chamada "Benizakura".