Na noite de Natal, à porta do edifício onde a Empresa de Água da República de Carson e a empresa Harimandala assinaram um acordo, inúmeros manifestantes protestavam em coro. Foi então que a unidade policial móvel, encarregue da segurança, subitamente desembainhou as armas e iniciou um massacre indiscriminado contra os manifestantes. Por detrás deste evento sangrento e aterrorizante, espreitava subtilmente o misterioso vírus "Faísca". Durante o confronto com um inimigo desconhecido, Motoko Kusanagi (voz de Maaya Sakamoto) e os seus companheiros da unidade móvel independente resgataram a jovem de corpo totalmente cibernético, Emma Tsuda (voz de Ai Kayano), que parecia ocultar factos sobre a utilização de memórias virtuais para actividades terroristas. O chefe da Secção de Segurança Pública 9, Daisuke Aramaki (voz de Hisashi Kyū), recusou entregá-la ao Coronel穗积 do Departamento de Inteligência do Exército (voz de Yuka Keichō), ordenando antes que Kusanagi levasse Emma para a Organização 501 para interrogatório. Na jovem, Kusanagi não só descobriu a existência de duas almas, como também tocou numa trágica verdade ocultada deliberadamente pelo governo e pelas forças armadas...