A Guerra dos Clones já dura há três anos e a República está prestes a vencer. O General Grievous da Confederação e o Conde Dooku (interpretado por Christopher Lee) raptam o Chanceler Palpatine (Ian McDiarmid) e fogem. Os Jedi Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) e Anakin (Hayden Christensen) são enviados pelo Conselho Jedi para o resgate. Anakin mata o Conde Dooku e salva Palpatine, mas o General Grievous consegue escapar. Anakin tem um sonho em que a sua esposa Padmé Amidala (Natalie Portman) morre durante o parto e, confuso, recorre a Palpatine para obter ajuda. Este aproveita a oportunidade para semear discórdia entre Anakin e o Conselho Jedi. À medida que Anakin se aproxima de Palpatine, uma conspiração contra os Jedi e a democracia que defendem começa a desenrol-se.