Dez anos após os Jedi terem derrotado o aprendiz Sith, a República Galáctica enfrenta novamente uma ameaça. O Conde Dooku (interpretado por Christopher Lee), um ex-Jedi, instiga milhares de sistemas estelares a separarem-se da República e prepara um vasto exército de droides para um golpe de estado. Padmé Amidala de Naboo (interpretada por Natalie Portman), após terminar o seu mandato como rainha, chega ao planeta Coruscant como senadora, decidida a dar o voto crucial para a criação de um exército da República. Obi-Wan Kenobi (interpretado por Ewan McGregor) e o agora crescido Anakin Skywalker (interpretado por Hayden Christensen) são encarregados de proteger Amidala. Durante a viagem de Anakin para levar Amidala de volta a Naboo como refúgio, os dois desenvolvem sentimentos um pelo outro e decidem ir juntos ao planeta Tatooine em busca da mãe de Anakin. Entretanto, Obi-Wan, seguindo o rasto de um assassino, chega ao planeta Geonosis, onde descobre o plano do Conde Dooku, mas acaba por ser capturado e a sua vida fica em perigo...