Código 47 (interpretado por Timothy Olyphant) é um clone criado através de tecnologia genética, contratado por uma organização chamada "The Agency" para realizar assassinatos. O número 47 corresponde aos dois últimos dígitos do código de barras na sua nuca e serve também como o seu nome. Após envolver-se em uma conspiração política, o Código 47 é perseguido na Europa Oriental tanto pela Interpol quanto pelo exército russo. Durante a investigação para encontrar os verdadeiros culpados, ele encontra uma mulher fatal (interpretada por Olga Kurylenko). A frieza implacável do assassino é gradualmente desfeita pela mulher, mas a sua vida começa a ser ameaçada...