No início do século XXI, uma praga devastadora ceifou a vida de 99% da população humana. Os sobreviventes, recorrendo à invenção do cientista Goodchard, ergueram a cidade isolada de Brerlag para preservar a civilização. Quatrocentos anos depois, alguns cidadãos, descontentes com o regime ditatorial de Goodchard e os contínuos desaparecimentos misteriosos, formaram uma força armada chamada Monicans para se opor ao sistema. A guerreira Ian (interpretada por Charlize Theron) é uma das figuras mais formidáveis dos Monicans. Durante uma missão para sabotar o sistema de vigilância de Goodchard, Ian testemunha o corpo sem vida da sua irmã mais nova, assassinada pelo regime. Consumida pela fúria, recebe a ordem de assassinar Trevor, o líder de Goodchard. No entanto, quando enfrenta Trevor, ele chama-a de "Catherine", lançando-a num turbilhão de memórias confusas que a paralisam. Após conseguir escapar, Ian empenha-se em investigar a verdade por trás da cidade, descobrindo que os desaparecimentos estão intrinsecamente ligados a um projeto de clonagem e que a própria existência de Brerlag depende da replicação de seres humanos. As descobertas de Ian desencadeiam rapidamente uma reação em cadeia, arrastando várias facções para o conflito...