Finalmente realizou o sonho da sua juventude ao tornar-se piloto espacial, Musashi, durante a celebração do casamento do seu grande amigo Tsutomu, encontra-se com os alienígenas Sha-U e Jin em Saipan. O planeta natal de Sha-U e Jin foi destruído pelos ataques da besta espacial Sandorus, levando-os a refugiar-se na Zona Azul, um mundo subaquático na Terra, na esperança de investigar um método para regenerar o seu planeta. No entanto, Sandorus envia simultaneamente a sua arma de invasão, Scobis, para atacar a Terra, e nem mesmo o escudo K2 consegue resistir! Com a ameaça a aproximar-se a cada momento, todos esperam pelo regresso do há muito desaparecido Ultraman Cosmos...