Um dia, uma nave espacial de origem desconhecida foi avistada sobre o Centro de Desenvolvimento Espacial, e uma mulher misteriosa apareceu. O centro foi subsequentemente atacado por dois monstros. O Ultraman Cosmos chegou a tempo, mas os monstros eram extremamente resistentes, e Cosmos quase foi derrotado. Felizmente, com a ajuda de Musashi Haruno, os dois fundiram-se, aumentando significativamente o seu poder. No entanto, quando os monstros estavam prestes a ser derrotados, outro Ultraman, Dees, apareceu subitamente e, surpreendentemente, impediu Cosmos de proteger a Terra, acabando por causar a morte de Cosmos e Musashi nas mãos dos monstros. Qual seria o objetivo da nave espacial? Afinal, a mulher misteriosa veio à Terra com a intenção de manter a ordem no universo, planeando eliminar todas as formas de vida no planeta! Para se salvarem, os países da Terra tentaram de tudo, mas a morte de Cosmos pareceu ser uma sentença de morte antecipada. A Terra estava à beira da destruição, e todos estavam sem soluções, a menos que um milagre acontecesse... No entanto, os familiares e companheiros de Musashi acreditavam firmemente que Cosmos e Musashi ainda estavam vivos. Eles empenharam-se em espalhar essa esperança, desejando que um milagre realmente ocorresse!