Thomas (interpretado por Dylan O'Brien), Minho (interpretado por Ki Hong Lee) e os seus companheiros são levados para um misterioso santuário, uma instituição gerida pelo dissimulado Janson (interpretado por Aidan Gillen). Janson oferece-lhes um ambiente estável e confortável e ordena que os sobreviventes da Clareira sejam submetidos a uma série de testes no laboratório médico, assegurando a Thomas que eles serão transferidos para uma zona de proteção mais segura para viver com outros jovens imunes ao vírus "Chama". Suspeitando que algo não está bem, Thomas decide mais uma vez liderar os seus companheiros para escapar do controlo de Janson. No entanto, o que os espera é uma Terra Queimada ainda mais perigosa do que o labirinto. O filme é uma adaptação do segundo volume da trilogia de ficção científica distópica homónima, escrita por James Dashner.