Em 2010, Ichikawa Shinshi (interpretado por Aikawa Shō), um professor do ensino básico, transformou-se no Homem-Zebra e derrotou os alienígenas invasores, tornando-se um ídolo para toda a humanidade. No entanto, após esse evento, Ichikawa desapareceu misteriosamente, com o seu paradeiro desconhecido. Quinze anos depois, o Japão sofreu mudanças drásticas. O bem e o mal inverteram-se, e o crime alastrava. Tóquio foi renomeada para Cidade Zebra, onde todos os dias ocorriam cinco minutos designados como "Tempo Zebra". Durante esse período, a polícia zebra, totalmente armada, saía em massa e realizava massacres impiedosos contra os cidadãos que ainda se encontravam nas ruas. O maléfico Aihara Kōzō (interpretado por Gadarukanaru Taka) e a sua filha, a Rainha Zebra (interpretada por Nakamariisa), governavam o local, e sob a sua poderosa sombra de violência, os seguidores eram muitos e os opositores, poucos.