A história de "Red Faction: Origins" segue o contexto e personagens do jogo: Já se passaram 25 anos desde que Alec Mason liderou a colónia marciana para a liberdade, e 12 anos desde que a sua esposa foi morta e a sua filha Lyra foi raptada. Desde então, Alec tornou-se um herói destroçado. O seu único filho restante, Jake Mason, é agora um oficial da Milícia da Red Faction. Quando ele descobre que a sua irmã, raptada há 12 anos, ainda está viva, o seu mundo fica de cabeça para baixo. Mesmo com novos inimigos a chegarem a Marte, Jake decide partir à procura da sua irmã, mas descobre que Lyra agora faz parte das forças inimigas, uma guerreira impiedosa que jurou destruir a Red Faction. Kate Vernon interpretará a Matriarca, a líder das forças invasoras.