O malévolo Khan escapou do planeta onde estava preso há quinze anos pelo Capitão Kirk. Ele, que outrora foi um líder de grande inteligência e bravura, transformou-se agora num louco perverso, jurando vingança sangrenta contra o Capitão Kirk. Para tal, primeiro sequestrou uma nave de guerra da Federação, depois roubou a arma de destruição maciça desenvolvida pelo filho e antigo amor de Kirk. Com astúcia, atraiu a Enterprise para uma armadilha meticulosamente preparada...