A comum estudante do ensino médio, Madoka Kaname (voz de Yūki Aoi), tem uma família feliz e, no seu dia a dia, é uma boa aluna, de carácter gentil e bondoso. A chegada da nova aluna, Homura Akemi (voz de Chiwa Saito), perturbou a vida tranquila de Madoka. Esta rapariga de cabelo comprido e preto, de personalidade reservada e saúde frágil, parece esconder algo que não consegue expressar sobre Madoka. Um encontro do destino acontece quando Madoka salva um animal estranho e ferido à beira da estrada. Para sua surpresa, a criatura consegue falar a língua humana. Ele apresenta-se como Kyubey (voz de Emiri Katō) e faz um pedido peculiar: deseja que Madoka faça um contrato com ele para se tornar numa rapariga mágica.