O exército de clones da República Galáctica enfrenta-se em combates intensos contra as forças de droides da Confederação de Sistemas Independentes. O Mestre Yoda envia a sua aprendiz padawan, Ahsoka Tano, para se juntar à batalha no planeta Christophsis como aprendiz de Anakin. O Conde Dooku orquestra o rapto do filho mais novo de Jabba, o Hutt, de Tatooine. Para assegurar os direitos de passagem nas Rotas Comerciais da Orla Exterior da galáxia, o Conselho Jedi envia Anakin, Ahsoka e o dróide R2, à frente de um contingente de clones, para resgatar o refém após o combate - enquanto Obi-Wan Kenobi viaja para Tatooine para negociar uma aliança com Jabba. A equipa de Anakin confronta-se com os droides separatistas e com a Sith Asajj Ventress num templo do planeta Teth. Apesar de conseguirem resgatar o filho de Jabba, uma conspiração maior aguardava-os.