O segundo-tenente da Marinha de Autodefesa, Takafumi Arido (Kenya Osumi), que investigava um objeto voador não identificado caído no Oceano Pacífico, encontrou uma luz azul que surgiu subitamente. Sob a influência desse corpo luminoso, sofreu uma alteração no padrão genético, transformando-se na feroz criatura THE ONE. Posteriormente, ele (THE ONE) escapou da vigilância da agência especial BCST (um instituto de pesquisa em bioengenharia) no Ministério da Defesa e desapareceu sem deixar rastros. Por outro lado, o piloto da Força Aérea de Autodefesa, Shinichi Maki (Tetsuya Bessho), decidiu renunciar ao cargo para passar mais tempo com seu filho, Tsugumu, que sofre de uma doença congénita. Durante seu último voo, Maki encontrou no ar uma "entidade vermelha luminosa". Isso ocorreu três meses após o incidente de THE ONE. No entanto, Maki sobreviveu milagrosamente e tornou-se piloto de aviação civil, iniciando uma nova vida. Apesar disso, agências ainda mantinham interesse nele, especialmente a oficial química da BCST, Sara Mizuhara. A BCST levou Maki à força para um laboratório montado numa fábrica abandonada, onde foi submetido a vigilância física. Foi então que a criatura THE ONE, desaparecida, regressou como se fosse atraída por algo. Após ser atacado por THE ONE e ficar à beira da morte, o corpo de Maki sofreu uma transformação: sob o poder de uma esfera de luz vermelha, ele transformou-se! Com 10 metros de altura, um corpo metálico de brilho prateado e ocasionalmente sua própria vontade, Maki enfrentou THE ONE em combate. Contudo, devido a uma transformação incompleta, sua energia foi rapidamente consumida e, após um golpe decisivo, ele voltou à forma de Shinichi Maki. Sara então nomeou esse ser que surgiu após THE ONE como "THE NEXT". A caminho de ser escoltado de volta ao laboratório da BCST em Tóquio, Maki soube que seu filho Tsugumu havia sido hospitalizado. Ao chegar ao hospital, reencontrou sua esposa Yoko. Nesse momento, surgiu a maior crise da humanidade: THE ONE, que havia absorvido várias formas de vida e sofrido mutações, reapareceu nas ruas de Shinjuku, destruindo tudo com os raios de fogo lançados de sua boca. A personalidade de Arido já havia sido substituída por THE ONE, tornando-se irreversível. No entanto, Arido e Sara Mizuhara haviam sido um casal noivado no passado. Movido pelas memórias de Sara, pela promessa feita a seu filho Tsugumu e para proteger sua família amada, Maki transformou-se novamente. Dessa vez, sua forma evoluiu para 40 metros de altura, com tons vermelhos que lembravam sangue nas articulações e lâminas características nos cotovelos. Agora, com o centro de Shinjuku como palco, as chamas da batalha decisiva entre ULTRAMAN e THE ONE começaram a arder!