Kafka Hibino, que trabalha numa empresa de limpeza, reencontra a sua amiga de infância Mina Ashiro, a estrela promissora das Forças de Defesa do Japão, reacendendo o seu sonho de se juntar às Forças de Defesa, que ele tinha abandonado. No entanto, é nessa altura que ele se transforma inesperadamente no "Kaiju N.º 8", uma criatura com um poder avassalador. Com a ajuda do seu colega mais novo, Reno Ichikawa, Kafka esconde a sua verdadeira identidade enquanto se prepara para o exame de admissão às Forças de Defesa. Contudo, justamente quando a sua vida parece estar a ganhar um rumo estável, um ataque inteligentemente planeado por um kaiju à base das Forças de Defesa vem perturbar completamente a tranquilidade.