O estudante do ensino secundário Kimihiro Watanuki (voz de Jun Fukuyama) possui um estranho talento que o atormenta profundamente: a capacidade de atrair involuntariamente uma multitude de espíritos. Certo dia, por acaso, ele entra numa loja de magia onde conhece a enigmática e bela proprietária Yūko Ichihara (voz de Sayaka Ōhara). Yūko revela-lhe que se trata de um estabelecimento onde se concedem desejos, e Kimihiro expressa o seu desejo de se ver livre da sua constituição sobrenatural. Contudo, o preço a pagar por tal desejo é elevado, forçando Kimihiro a trabalhar na loja para liquidar a sua dívida. Durante este período, ele trava conhecimento com o taciturno Haruka Doumeki (voz de Kazuya Nakai), com a azarada Himawari Kunogi (voz de Shizuka Itō), e com uma peculiar mascote de nome Mokona.