O vírus T alastrou-se pela Colmeia e rapidamente quebrou a tranquilidade de Raccoon City à superfície. Os zombies começaram a surgir entre a população, e a Corporação Umbrella isolou a cidade completamente, planeando usar uma arma nuclear para a destruir, de modo a encobrir o facto da fuga do vírus. Alice (interpretada por Milla Jovovich), que tinha sido injetada com o vírus T pela Umbrella, adquirindo capacidades físicas muito superiores às de um ser humano normal, acordou de um estado de coma. No caos de Raccoon City, ela uniu-se à agente de segurança Valentine (interpretada por Sienna Guillory), à jornalista Terry e outros para formar uma equipa, na tentativa de encontrar uma forma de escapar. Entretanto, o Dr. Ashford, um cientista da Corporação Umbrella, para salvar a sua filha Angela, que tinha sido abandonada na cidade pela corporação, ofereceu um meio de fuga em troca da ajuda de Alice e da equipa de segurança liderada por Carlos (interpretado por Oded Fehr). Enquanto isso, a Corporação Umbrella enviou o "Nemesis", criado a partir do ambientalista Matt, para impedir tudo isto...