O Doutor Maligno (interpretado por Mike Myers), que já tinha sido capturado pelo agente Austin (também interpretado por Mike Myers), conseguiu escapar da prisão. Desta vez, o Doutor Maligno planeou um esquema ainda maior: viajou no tempo até 1975 com a intenção de raptar o pai de Austin, destruindo assim toda a linhagem do agente. Ao descobrir o plano, Austin vê-se forçado a abandonar a sociedade capitalista altamente desenvolvida de 1999 e regressar a 1975 para enfrentar o Doutor Maligno. Lá, ele acaba por encontrar a sua versão mais jovem – um jovem insignificante e desconhecido. De regresso ao passado, Austin não só tem de derrotar o Doutor Maligno e salvar o seu pai, como também precisa de confrontar os seus próprios sentimentos. Claro que, sendo o personagem absurdo que é, ele não se esquece do seu talento para o humor.