Um estudante universitário comum, Naofumi Iwatani, é convocado para um mundo alternativo onde se torna um dos Quatro Heróis Sagrados — o Herói do Escudo. Apesar de ser falsamente acusado e repetidamente perseguido, ele une forças com os seus companheiros — Raphtalia, Filo e Melty — para proteger as pessoas da "Onda", uma calamidade que ameaça o mundo. Com os seus próprios esforços e a ajuda da Rainha de Melromarc, Naofumi vê o seu nome limpo, recebe o seu próprio território e prepara-se para a próxima vaga de destruição que se aproxima. No entanto, no país da Tartaruga Sagrada, a leste de Melromarc, revive uma criatura lendária capaz de causar um desastre sem precedentes — a Tartaruga Sagrada. Naofumi aceita o pedido da Rainha para a derrotar e, com a sua equipa, parte para o país da Tartaruga Sagrada, juntando-se a eles a nova aliada L'Arc. Enquanto as forças aliadas se reúnem, a consorte real do rei do país da Tartaruga Sagrada — a princesa regente Ost Horai — aparece perante Naofumi. Através dela, Naofumi descobre que a Tartaruga Sagrada foi revivida por meios não convencionais. Conseguirão eles derrotar a Tartaruga Sagrada e desmascarar o cérebro por trás do seu despertar? Para proteger os seus preciosos...