Em 2285, a nave estelar Enterprise da Federação, danificada na batalha contra Khan, regressou ao porto espacial da Terra para reparações. Kirk ainda estava de luto pela morte de Spock. O Dr. McCoy começou a exibir comportamentos estranhos: invadiu sem autorização os aposentos selados de Spock, falou de forma incoerente, entre outros, acabando por ser internado num hospital para avaliação psiquiátrica. Scotty foi designado para a nave estelar da Federação, Excelsior. O Comando da Frota Estelar emitiu uma proibição de entrada no recém-formado planeta Genesis. Kirk foi informado de que a Enterprise seria retirada de serviço. Sarek, pai de Spock, procurou Kirk e revelou-lhe que o corpo de Spock teria de ser levado de volta a Vulcano, ou a sua alma não encontraria descanso. Sarek exigiu que Kirk regressasse a Genesis para recuperar o caixão de Spock e trazê-lo para Vulcano — e, como Spock realizara uma fusão mental com McCoy antes de morrer, McCoy, que agora carregava a alma de Spock, também teria de ir a Vulcano. No entanto, a Frota Estelar recusou-se a permitir que a antiga Enterprise deixasse o porto espacial. Após sair do hospital e ouvir a notícia, McCoy tentou recrutar uma nave para voltar a Genesis. Durante uma discussão, foi preso, mas isso não afetou o plano: com a ajuda de Kirk, Scott, Sulu, Uhura e Chekov...