Após a tempestade sangrenta do episódio anterior, Bourne (Matt Damon) e a sua namorada Marie (Franka Potente) refugiam-se numa remota vila costeira na Índia, desejando esquecer o passado. Um dia, assassinos de uma organização misteriosa chegam à vila, perturbando a tranquilidade do casal. Marie é morta a tiro durante a fuga.Em busca da verdade, Bourne retoma a luta e descobre que a CIA, sua antiga empregadora, está novamente à sua procura. Ele é envolvido numa operação de assassinato, sendo acusado injustamente de sabotar uma troca de informações da agência e matar um agente. Sem alternativas, Bourne precisa encontrar quem o está a incriminar para limpar o seu nome e vingar a morte da namorada.