A história decorre 18 meses após a Batalha de Metrópolis, durante a qual muitos edifícios e cidadãos foram gravemente afetados. O Super-Homem (interpretado por Henry Cavill), por ter ajudado a humanidade a resolver vários problemas, é venerado como um deus. No entanto, ele é preso e interrogado devido aos estragos causados na cidade durante o seu confronto com Zod. Bruce Wayne (interpretado por Ben Affleck), o Batman, que durante algum tempo se tornara uma lenda urbana, reaparece perante o público, aparentemente com o intuito de punir o Super-Homem. O jovem bilionário Lex Luthor (interpretado por Jesse Eisenberg) instiga o conflito entre os dois, enquanto a misteriosa Diana Prince (interpretada por Gal Gadot) também intervém com os seus próprios objetivos...