A empresa Umbrella, que desenvolve armas biológicas para os militares, possui um enorme centro de pesquisa subterrâneo em Raccoon City — a Colmeia. Devido a um acidente, ocorreu um vazamento de armas biológicas transmissíveis pelo ar. O sistema de computador "Rainha Vermelha", responsável pela segurança da Colmeia, ativou medidas de emergência, mas isso resultou na morte de centenas de funcionários... Quatro horas depois, Alice (interpretada por Milla Jovovich), uma agente de segurança da Colmeia, acorda na saída da instalação, sofrendo de amnésia devido à exposição a gases hipnóticos. Uma equipa de forças especiais, encarregada de desativar a Rainha Vermelha, chega ao local e une-se a Alice, a Anderson — que afirma ser polícia — e a Parks, um funcionário da Colmeia, para descerem às profundezas do complexo. O grupo enfrenta uma série de ataques consecutivos de sistemas de defesa e zombies devido ao conflito entre os seus objetivos e os da Rainha Vermelha. Enquanto isso, as memórias gradualmente recuperadas por Alice revelam uma ligação incomum com os seus companheiros. Como será resolvida esta crise de zombies biológicos? Ou será isto apenas o prelúdio do desespero?