Alice (interpretada por Milla Jovovich) foi clonada pelo laboratório da Umbrella Corporation, tornando-se um espécime de pesquisa do Dr. Isaacs (interpretado por Iain Glen). Como o seu ADN pode combater o vírus-T, o doutor usa-o para aumentar o poder destrutivo dos zombies. Alice recebe um sinal de socorro humano, mas cai numa armadilha, tendo de lutar desesperadamente para sobreviver. Ela sente-se aliviada, mas durante o sono, experimenta intensamente o chamamento de um poder imenso dentro de si – é evidente que o laboratório da Umbrella a alterou. Além disso, o Dr. Isaacs injetou sangue humano nos zombies, ativando a sua consciência humana. Os zombies tornam-se mais poderosos e completamente incontroláveis, matando cruelmente os assistentes do laboratório e sendo treinados para enfrentar Alice. Três anos depois, a Terra transforma-se numa terra desolada. Os sobreviventes do Nevada formam uma aliança, da qual Alice faz parte, mas ela teme revelar a sua identidade, pois o laboratório, ao conceder-lhe superpoderes, também a forçou a tornar-se uma espiã. Alice sente-se isolada, apenas Carlos compreende o seu dilema, o que os leva a envolver-se numa relação ambígua...