Em 2013, um grande terramoto de magnitude 9.6 atingiu Los Angeles, nos Estados Unidos, separando-a do continente americano e transformando-a numa pequena ilha. Revolucionários americanos formaram um exército rebelde na ilha, enquanto o Presidente dos Estados Unidos exilou todos os criminosos nesta terra caótica e sem lei. No entanto, a filha do Presidente também foi capturada pelos rebeldes, levando-o a recrutar Snake para se infiltrar na cidade, resgatar a sua filha e recuperar a chave que ativa a bomba nuclear.