No final do século XXI, o nível tecnológico da humanidade já estava altamente desenvolvido, a tecnologia de clonagem humana e a navegação espacial já eram uma realidade, deixando de ser um sonho. Ao mesmo tempo, muitos cientistas continuavam incansavelmente a investigar o segredo e a verdade sobre a origem da humanidade. Através do estudo e comparação de várias civilizações antigas, a cientista Elizabeth Shaw (interpretada por Noomi Rapace) e Charlie Holloway (interpretado por Logan Marshall-Green) descobriram que os seres humanos poderiam ter sido criados por alienígenas de uma galáxia distante. Com o financiamento da empresa Weyland, eles embarcaram na nave espacial Prometheus, comandada por Vickers (interpretada por Charlize Theron), em direção a esse planeta desconhecido.