A história desenrola-se a bordo de uma nave espacial colonizadora chamada "Covenant", que transporta dois mil colonos em estado de hibernação. O seu destino é o distante planeta Ómega 6, onde esperam estabelecer uma nova casa. Um incidente inesperado danifica as velas de recolha de energia da nave, causando a morte do capitão Branson (interpretado por James Franco). Sob o comando do capitão interino Oram (Billy Crudup), a tripulação, assustada e de luto, aterra num misterioso e desconhecido planeta.