Num universo silencioso, uma nave espacial chamada "Betty" viaja em direção ao planeta "Auriga". A bordo, jazem dezenas de terrestres anestesiados e congelados, alheios ao desastre iminente. Afinal, militares e comerciantes sem escrúpulos atraíram estas pessoas para serem enviadas a "Auriga" com o objetivo de incubar os ovos postos pela Rainha Alien há duzentos anos. Ripley (interpretada por Sigourney Weaver) tornou-se uma versão reencarnada em forma humana da Rainha Alien. Com genes alienígenas incorporados no seu ADN, tornou-se extraordinariamente forte e ambígua, uma verdadeira "dupla face". A bordo da "Betty", uma jovem chamada Call (interpretada por Winona Ryder) tenta sabotar o plano de incubação dos ovos alienígenas. Quando a "Betty" chega a "Auriga", ocorre uma reviravolta inesperada!