Alquimia, uma ciência baseada no princípio da troca equivalente, que compreende, decompõe e reconstrói a matéria, transformando um objeto noutro. Contudo, esta tecnologia avançada não pode ser aplicada na transmutação humana, um tabu absoluto da alquimia. Apesar disso, os irmãos Edward (voz de Park Romi) e Alphonse (voz de Rie Kugimiya), dotados de um talento excecional para a alquimia, desafiaram este interdito movidos por uma profunda saudade da mãe. O preço final foi terrível: Edward perdeu um braço e uma perna, enquanto o irmão mais novo, Alphonse, teve a sua alma ligada a uma armadura gigantesca. Ao compreenderem plenamente as consequências, os irmãos decidiram recuperar os seus corpos originais, aprofundando os seus conhecimentos de alquimia e tornando-se alquimistas estatais, embarcando numa jornada em busca do item alquímico definitivo – a Pedra Filosofal. Durante a sua busca incessante, os irmãos descobriram a verdade por trás da Pedra Filosofal e ganharam uma compreensão mais profunda do país militarizado em que viviam. Perante questões de estado, nação e família... onde estará o futuro da alquimia?