Os ninjas não existem... É o que pensamos. Mesmo que existissem, nunca nos mostrariam a sua verdadeira face. Por isso, "oficialmente", os ninjas não existem. O protagonista, Sakuraba Kazuto, é um rapaz comum que, tal como nós, acredita que os ninjas não existem. Estava destinado a ter uma vida normal, feliz e brilhante... ou assim deveria ser. Um dia, Kazuto é alvo de uma tentativa de assassinato e descobre que foi obra dos ninjas de Kōga. Por que razão querem matar Kazuto? Porque... ele é o legítimo e distinto 19.º herdeiro direto dos ninjas de Iga! Iga e Kōga estão em conflito há muitos anos, e Kōga pretende aniquilar Iga. Para sobreviver... Kazuto terá de se tornar ele próprio um ninja! Assim, Kazuto mergulha no mundo secreto dos ninjas, que ninguém conhece. Aprende, luta e enfrenta adversidades para se tornar um ninja completo. Mas isto era apenas o prólogo do cruel destino que Kazuto estava destinado a enfrentar...