O jovem Takashi Natsume, que desde pequeno consegue ver espíritos. Desde que herdou da sua avó Reiko o "Livro dos Amigos", um contrato onde estão escritos os nomes dos espíritos que se tornaram seus servos, começou a devolver os nomes a esses seres, todos os dias, acompanhado por um espírito que se intitula seu guarda-costas, o Mestre Gato. Natsume encontra-se com diversos espíritos e pessoas bondosas e, enquanto constrói um lugar acolhedor, repete continuamente o desejo de proteger aquilo que é importante.