Com uma população de 2,3 milhões de habitantes, sendo 80% estudantes, a "Cidade Académica" é uma zona especial tecnologicamente mais avançada do que outras regiões e dedicada ao "desenvolvimento de habilidades paranormais". Entre os apenas sete indivíduos de Nível 5 de toda a Cidade Académica, Misaka Mikoto, devido às suas capacidades e personalidade, vê-se envolvida em diversos incidentes que ocorrem na cidade...