Haruhi Arata (voz de Yoshitsugu Matsuoka) é um jovem comum que, num certo dia, é envolvido juntamente com a sua prima Haruhi Hijiri (voz de Ayaka Suwa) num redemoinho que os transporta para um mundo alternativo. No meio do caos, Arata e Hijiri separam-se. Determinado a encontrar Hijiri e regressar com ela ao mundo original, Arata segue várias pistas que o levam a ingressar na Academia Real de Livros como aluno transferido.