Num futuro passado cinquenta anos, desenrola-se uma história alternativa onde o mundo foi devastado e reduzido a ruínas após ser devorado por "deuses". O equilíbrio foi quebrado pela destruição causada por criaturas súbitas conhecidas como "Aragami". Com as armas convencionais da civilização humana tornadas ineficazes devido ao instinto de "predação" dos Aragami, a empresa de biotecnologia "Fenrir" conseguiu desenvolver uma arma biológica chamada "God Arc" através da utilização das células dos Aragami. Paralelamente, foi formada uma unidade especial de "Devoradores de Deus". Foi assim que a humanidade finalmente adquiriu o poder de enfrentar os Aragami.