Barry (interpretado por Ezra Miller) usa os seus superpoderes para voltar ao passado na tentativa de alterar o curso da história e salvar a sua família. No entanto, as suas ações alteram inadvertidamente o futuro. Neste novo futuro, o General Zod (interpretado por Michael Shannon) regressa e ameaça destruir o mundo. Barry fica isolado e sem ajuda, a menos que consiga convencer um Batman muito diferente e já retirado da vida de herói (interpretado por Michael Keaton) a regressar e a salvar um kryptoniano aprisionado — ainda que este não seja o Super-Homem que ele conhece. Por fim, para salvar o mundo em que se encontra e regressar ao futuro que conhece, a única esperança de Barry é correr velozmente pelo seu destino. Contudo, mesmo que Barry faça o sacrifício supremo... conseguirá ele repor a ordem no universo?