Na sua própria varanda, uma jovem pendurada na grade como se fosse um lençol - uma cena totalmente surreal - apareceu diante dos olhos de Kamijou Touma. Mesmo nesta cidade, a Cidade Académica guiada pela ciência mais avançada, onde poderes sobrenaturais já podiam ser criados através da tecnologia, a jovem que se identificou como "Index" conseguiu assustar Kamijou. Index afirmou estar a ser perseguida por feiticeiros por possuir 103.000 livros de magia, e Kamijou, com os seus próprios poderes, confirmou a magia da jovem. A rapariga partiu da casa de Kamijou alegando perigo, e ele seguiu para a escola como de costume. Porém, ao voltar para casa, encontrou Index inconsciente numa poça de sangue. Neste mundo onde a ciência e a magia se entrelaçam, a história de Kamijou Touma e Index tinha assim início.