A vast "Cidade Escola" localizada a oeste de Tóquio. Nesta metrópole com uma população total de 2,3 milhões de habitantes, onde cerca de 80% são estudantes, é implementado um currículo especial para o desenvolvimento de habilidades sobrenaturais. As capacidades dos alunos são classificadas em seis níveis, desde "Level 0 sem habilidades" até "Level 5 com poderes extraordinários". Touma Kamijou, um estudante do ensino secundário, é um dos residentes da Cidade Escola. Devido ao poder oculto na sua mão direita - o "Imagine Breaker" (Aniquilador de Ilusões), que pode neutralizar qualquer poder sobrenatural, incluindo a proteção divina -, é classificado como um "incapaz" de nível zero, levando uma vida repleta de infortúnios. A vida estudantil de Touma sofre uma reviravolta dramática quando, no início das férias de verão, uma freira de branco puro cai do céu. A partir do encontro com ela - Index, a "Bíblia Proibida" que fugiu do mundo da "magia" -, Touma é arrastado para uma série de incidentes. Enquanto resolve perigosos casos envolvendo tanto a facção da "ciência", que governa a Cidade Escola, quanto a facção da "magia" relacionada a Index, a sua rede de relacionamentos expande-se gradualmente. Eventualmente, a maior denominação do cristianismo no lado mágico, a Igreja Católica Romana, toma conhecimento da existência de Touma... Como que em resposta ao lado mágico, a Cidade Escola do lado científico também entra em ação. No entanto, surgem aqueles que lutam contra a maré crescente de oposição mundial. São os "heróis" cujos destinos foram profundamente alterados através da sua conexão com Touma Kamijou. Eles erguem-se para enfrentar o mundo. Tal como Touma Kamijou fez. Quando a ciência e a magia se entrelaçam pela terceira vez, a história avança a passos largos!!