Após o grande cataclismo que assolou o mundo, conhecido como "Segundo Impacto", o mundo reconstruiu-se sobre os escombros. Shinji Ikari, um jovem de 14 anos, foi chamado pelo seu pai, Gendo Ikari, para a cidade de Neo Tóquio-3. Esperando ser recebido pelo pai, ele depara-se com uma enorme criatura chamada "Anjo" a enfrentar as forças militares. Em meio ao perigo, Misato Katsuragi, da agência especial NERV, salva Shinji e leva-o para a sede da NERV, comandada por Gendo Ikari. No entanto, o que aguardava Shinji era uma ordem cruel do pai: pilotar um gigantesco robô humanoide chamado "EVA" para combater os Anjos. Apesar de inicialmente recusar, ao testemunhar a substituta piloto Rei Ayanami gravemente ferida, Shinji decide obedecer ao comando do pai. Assim, sem qualquer treino de combate prévio, Shinji prepara-se para pilotar a Unidade EVA-01 e enfrentar os Anjos.