A história desenrola-se numa aldeia isolada do mundo exterior — a aldeia de Sotoba. Durante anos, a aldeia manteve a forma de sepultamento mais antiga — o enterro tradicional. Isto criou as condições perfeitas para o surgimento de criaturas conhecidas como "Shiki". Os Shiki, um tipo de morto-vivo, são fisicamente fortes mas temem a luz solar, alimentando-se do sangue humano e expandindo os seus números ao transformar humanos comuns em Shiki. O seu único objetivo é dominar completamente a aldeia de Sotoba. Eventos estranhos começam a ocorrer secretamente por toda a aldeia, sem que ninguém os relacione entre si. Quando o medo finalmente eclode, já é tarde demais. Natsuno Yūki (dublado por Koki Uchiyama) é o primeiro a descobrir a existência dos Shiki, e após ser atacado por um, transforma-se numa subespécie chamada "Jinrou". Os Jinrou, além de possuírem capacidades físicas superiores às dos humanos, são indistinguíveis destes, tornando-se assim a única força capaz de enfrentar os Shiki.