Determinado em tornar-se um caçador de fantasmas, Sora Tenkuji, no seu 18.º aniversário, recebe um Ghost Eyecon enviado pelo seu falecido pai dez anos antes. De repente, aparecem diante dele criaturas de outro mundo - os Gamma - que cobiçam este objeto. Na tentativa de salvar a sua amiga de infância, Akari Tsukimura, e o seu amigo Onari, acaba por perder a vida. Com a ajuda de um sábio, obtém o Ghost Driver para se transformar no Kamen Rider Ghost, renascendo com uma vida temporária de 99 dias. Para reunir os Eyecons dos "15 Grandes Heróis" que lhe permitirão reviver, lança-se numa batalha que decide o destino do mundo.