No final do filme anterior, Neo (interpretado por Keanu Reeves) finalmente toma consciência das suas capacidades e do seu destino. Após ser ressuscitado de um ferimento de bala, transforma-se no omnipotente "Escolhido". Ele, a sua namorada Trinity (interpretada por Carrie-Anne Moss) e o capitão Morpheus (interpretado por Laurence Fishburne) regressam à base humana de Sião, onde são calorosamente recebidos pela população. Entretanto, a Matrix decide atacar preventivamente, enviando vinte e cinco mil lulas mecânicas para atacar a base de Sião. Morpheus, Neo e Trinity entram novamente na Matrix para encontrar o "Fabricante de Chaves", preparando-se para sabotá-la a partir do interior. Enquanto isso, o que deveria...