Numa pacata vila vivia o misterioso Professor Utonium, que através de experiências científicas criou três raparigas perfeitas com superpoderes, chamadas: Bolhas, Flor e Docinho. Entre as três, Bolhas tinha a personalidade mais inocente e extrovertida, Flor era a mais irritadiça e impaciente, enquanto Docinho nascia como líder e porta-voz natural. As três complementavam-se mutuamente, suprindo as fraquezas umas das outras, formando assim as "Powerpuff Girls", uma equipa com a missão suprema de combater o mal. Na vila, existia uma linha direta para os habitantes chamarem as Powerpuff Girls em seu auxílio, sendo a principal tarefa das heroínas enfrentar vilões de todos os tipos com astúcia e coragem. Sempre que a vila precisava, as três super-heroínas entravam em ação para combater o crime, protegendo a sua casa e os residentes locais com a sua incomparável "força feminina". Nesta temporada, as Powerpuff Girls passarão um dia inteiro a explorar o laboratório do Professor Utonium, onde descobrirão segredos verdadeiramente inesperados.