No segundo filme, Neo (interpretado por Keanu Reeves) não conseguiu destruir a "Matrix" a partir do interior. O seu corpo ficou em coma na nave do mundo real, mas a sua mente ficou presa numa zona intermédia entre a "Matrix" e o mundo real, um local controlado pelo "Homem do Comboio". Morpheus (interpretado por Laurence Fishburne), Trinity (interpretada por Carrie-Anne Moss) e outros descobriram a situação de Neo e, guiados pelo Anjo Guardião, encontraram Merovingian, o controlador do "Homem do Comboio". Após um intenso confronto, conseguiram resgatar Neo.