Em 2013, na cidade NO.6. Este era um país ideal, sem crime, sem doenças, sem guerras, sem a chamada dor ou ressentimento. Shion (voz de Yuki Kaji), um jovem prodígio de 12 anos que sempre acreditou nisso, vivia com a mãe na zona residencial de luxo do NO.6. Numa noite de tempestade, ele conheceu alguém que viria a abalar a sua visão do mundo - um jovem chamado Rato (voz de Yoshimasa Hosoya), cheio de feridas e rancor. Curioso e com uma certa simpatia por Rato, Shion, longe de ter medo, salvou-o. No entanto, por ser considerado suspeito de o ter escondido, foi privado de todos os seus privilégios e acabou por se tornar num guarda de parque.