Após o confronto incendiário anterior entre monstros, o King Kong e o Godzilla unirão novamente forças para enfrentar uma ameaça colossal que se esconde no mundo, ao mesmo tempo que exploram progressivamente as origens destas criaturas gigantes e os mistérios de locais como a Ilha da Caveira. Simultaneamente, o véu da batalha ancestral será levantado, revelando como esse conflito deu origem a estes seres extraordinários e moldou profundamente o destino da humanidade.